I Final Fantasy II slutar en elak kejsare vad som kunde ha varit en evig period av fred. Han har uppmanat monster från ett demoniskt rike att ta över världen. Tusentals liv ger efter för sina attacker och lämnar många barn föräldralösa. Från förstörelsen reser sig fyra unga överlevande som kommer att ta på sig att stoppa den skoningslösa härskaren och hämnas deras föräldrars död.